Et angreb tvinger en gruppe forskere og militære til at flygte gennem Stargate med et ukendt mål. De finder sig selv på et forladt og ubemandet rumskib fra de Gamle, kaldet Destiny. De må finde ud af, hvordan man styrer Destiny, og hvad dens formål er. Derudover skal de udforske de nye verdener, de opdager, dels for at overleve...
