Tiden er inde. Den femte og sidste sæson starter midt i følgerne af eksplosionen af teamets tilflugtssted, der blev angrebet af droner, mens Jane Doe kun kunne se hjælpeløst til. Hvem har overlevet angrebet, og kan teamet – inklusive Weller, Reade, Zapata og Patterson – rense sit navn efter anholdelsen af Madeline Burke?