Sæson tre følger Bumpy Johnsons kamp for magten i Harlem, hvor han står over for andre, der også ønsker tronen, herunder den cubanske mafia, rivaliserende italienere, hensynsløse latinamerikanske lejesoldater og i sidste ende CIA. Godfather of Harlem er en sammenstød af den kriminelle underverden og borgerrettighedsbevægelsen i en tumultarisk periode i amerikansk historie.