Da Jason Bournes (Matt Damon) tidligere kontaktperson Nicky hacker CIA, finder hun hemmelige informationer om organisationens operationer, men også hidtil ukendte oplysninger om deres eks-snigmorder Jason Bourne, der er gået under jorden. Snart er han i overhængende livsfare, samtidig med at han forsøger at afdække sandheden om sin fars rolle i CIA.
