Det er to år siden, Ethan Hunt lykkedes med at fange Solomon Lane, og nu har de resterende medlemmer af The Syndicate omgrupperet sig til den nye organisation The Apostles. Under ledelse af den mystiske John Lark har de skumle planer om at få fingrene i tre plutoniumkerner. Ethan Hunt bliver sat i spidsen for et hold af agenter, der skal fange disse kerner tilbage, men missionen slår fejl!